Entre 1998 y 2001 participó en todas las ediciones de la Copa Mercosur, torneo oficial que reemplazó a la Supercopa, apenas llegando a cuartos de final en la mejor de las participaciones. Se trató de la Copa Sudamericana 2010, donde Independiente eliminó a Argentinos en primera fase, a Defensor Sporting en octavos de final, camiseta eeuu 2022 y al Deportes Tolima en cuartos a través con la regla del gol de visitante.
